水利部科技推广中心成立于1993年12月，其前身是水电部科学技术委员会条件处，是经中编办批准的水利部综合事业局所属具有法人地位的差额补贴事业单位。

2000年经水利部批准，隶属于水利部综合事业局。

受水利部国际合作与科技司委托，中心承办国家级和部级水利科技计划项目的管理工作；负责水利行业重大科技成果管理；组织科技推广与科技成果鉴定、登记及奖励工作；负责水利水电重大装备和技术的研制开发与引进工作；承办水利行业知识产权、科技保密、技术市场等管理工作；科技中介服务等。2004年经水利部国际合作与科技司批准（国科科[2004]14号），取得了从事水利科技项目招标投标与水利科技评估工作的资格。

根据中国水利科技推广网2015年2月的信息，中心有员工25人，其中具有高级职称以上的人员17人，中级职称5人，初级职称3人。包含水文、水资源、环境科学、机械、生态等学科专业。

中心内设综合处、项目一处、项目二处、推广与产业处。

综合处

负责水利科技成果登记、鉴定、知识产权，科技保密管理工作，组织推荐水利行业申报国家奖励；科技计划项目资金拨付与管理、科技计划年度预算编制；中心党务、行政、人力资源、财务、资产、离退休、工会、后勤等工作的综合管理。

项目一处

负责水利部重点科技成果推广计划项目、国家科技成果重点推广计划项目、国家农业科技成果转化资金项目、国家科技型中小企业技术创新基金、国家星火计划项目管理。

项目二处

负责水利部引进国际先进水利科学技术计划（"948"计划）、现代水利科技创新计划、科技基础性工作专项、国家软科学研究计划、科技基础条件平台建设计划等项目管理。

推广与产业处

负责水利科技成果登记、鉴定、知识产权，科技保密等管理工作，承办推荐水利行业国家奖励申报工作；负责水利科技推广政策、规划的编制工作；水利科技推广的行业组织管理和水利科技推广体系建设；承办水利重大技术装备的研制开发工作；承办与科技推广业务有关的科技咨询、产业化开发和技术服务工作。具体承办科技推广示范基地认定、水利先进实用技术重点推广指导目录评审、水利先技实用技术推广证书发放的组织管理工作。